２００６年，核二院结合２００６年～２０２０年的发展方向，制定了《核工业第二研究设计院中长期发展战略与规划纲要》，明确了“１２５１”的战略目标：即要结合中国核电工程公司组建、发展进程，到２０２０年，创建一个国际型工程公司，立足于核电、核化工两个主业，重点发展五个主要业务领域（即核工程研发、工程管理和总承包、核电站运行支持服务、核电总体规划、工程监理），建成一个工程技术研发基地。

    ２００６年，该院除继续开展秦山核电二期扩建、岭澳核电二期等核电设计任务外，还配合开展了福清核电、田湾核电二期、山东海阳核电、辽宁红沿河核电、湖南桃花江核电等大量核电工程的前期工作，并配合第三代核电招标依托项目开展了招标评标等技术支持工作，以及核安全审评与国防技术后援工作。在核化工方面，该院按计划完成了中试厂工程、核三废处理工程、退役工程项目任务。

    ２００６年，该院结合秦山核电二期扩建工程ＢＯＰ项目管理等工程任务，推进了创建工程公司的具体进程，并成为中国核电工程公司的创建依托单位，在其创建初期，为其编制和完善各项程序，提供人员、技术、组织等资源支持，开展了大量的基础性工作。

    ２００６年１１月９日，经中核集团公司批准，核二院加挂了“中核集团公司核电规划院”的牌子，开始履行中核集团公司核电工程规划职能。主要工作范围是：核电发展规模规划、厂址规划、核电新堆型研究规划、核燃料循环、后处理、核设施退役以及核工程技术、政策、法规、标准的规划研究和项目评估等。           （核 宣）