６月９日中核集团公司与四川大学签署合作协议。中核集团公司副总经理王寿君和四川大学校长、中国工程院院士谢和平分别代表双方在协议书上签字。

６月１６日中核集团秦山二期核电站扩建项目贷款合同签字仪式在京举行。中国建设银行、中国银行、中国工商银行分别与秦山二期签署了贷款合同，合同金额约130亿人民币，是秦山二期核电扩建项目目前金额最大的合同。

６月２０日秦山二期核电站2号机组冲转并网成功，标志着历时39天2小时的202大修胜利结束，同时也标志着秦山二核2006年度机组大修任务圆满完成。

６月２２日中核集团公司、中核建设集团公司联合召开首次“核电工程建设峰会”。

６月２４日田湾核电站2号机组热态试验顺利完成。

６月２７日湖南桃花江核电有限公司筹建处在湖南益阳市正式揭牌成立。这标志着中核集团公司与湖南省人民政府共同推动的湖南桃花江核电项目前期工作正式启动，进入实质性操作阶段。

６月２８日“2006年全球华人企业500强”颁奖授牌大会在人民大会堂隆重举行。中国核工业集团公司凭借强劲实力入选“2006年全球华人企业500强”。

６月２９日中核集团公司和华润集团有限公司签署了《核电和其它领域战略合作框架协议》。

６月中国辐射防护研究院荣获“全国建设项目环境影响评价优秀甲级单位”称号。

６月原子高科股份有限公司研制成功“钚－铍中子源”。

６月 中核集团公司分离办社会工作按期完成。中核集团公司与9个省（区、市）的移交协议全部签订完毕。